A causa di alcune differenze tra le due versioni, prima di poter compilare un kernel 2.6 è necessario installare il pacchetto module-init-tools che implementa i nuovi gestori dei moduli (lsmod, modprobe, etc..) sostituendo quelli propri dei kernel 2.4. Sarà comunque sempre possibile utilizzare il kernel 2.4 parallelamente al 2.6 grazie al fatto che tale pacchetto individuerà automaticamente al boot il tipo di kernel in uso abilitando il gestore appropriato.

Una volta installato, potrete seguire normalmente la guida relativa alla compilazione dei kernel 2.6.